Mesjeta e Hershme. Periudha e parë byzantine
Më Mesjetë, Lezhën e gjejmë nëpër dokumente me emra të ndryshëm si Ljesh Elissos, Lessium, Alexium, Alessium apo Alessio.
Sa i përket Lezhës, në shekullin VI ishte një ndër tre qytetet kryesore të Provincës së Prevalit me qendër Shkodrën. Lezha që në atë periudhë quhej Lissos. Krishterimi duhet të ketë hyrë në Lezhë në kohëra më të hershme, kjo për vetë faktin se ky qytet ishte portual dhe qendër qarkullimi.
Në Lezhë gjatë shek. VII kishte edhe punishte të shumta që dërgoheshin edhe pertej detit. Kjo nxiti zhvillimin e qytetit gjatë kësaj periudhe. Gjatë riorganizimit administrativ të Perandorisë Bizantine, Lezha përfshihej si një qendër me rezerva të mëdha ekonomike.
Gjatë kësaj periudhe qyteti fortifikohet me mure të fuqishme rrethuese dhe sipër kodrës ku më parë kishte qenë Lisi antik, u ndërtua kështjella e Lezhës.
Periudha e dytë bizantine
Në shek. IX-X, qyteti fillon të njihet me një emër të ri Elis. Qyteti fortifikohet edhe më tepër dhe gjatë sulmeve të normanëve që e kanë kështjellën e paarritshme, prej së cilës bizantinët nëpërmjet detit furnizonin me ushqime dhe armë Durrësin, gjatë luftës kundër Boemundit. Në Lezhë filluan të fuqizoheshin familje të ndryshme feudale shqiptare, ndër të cilat bien në sy Blinishtët dhe Dukagjinët.
Blinishtët
Blinishtët me qendër në fshatin e sotëm Blinisht, janë e para familje fisnike që kishte pasur pozitë të fuqishme në Lezhë. Emri i tyre shfaqet nëpër shkrime të ndryshme që në vitin 1274 edhe në forma të gabuara si Bleusi, Bleuisti, Bletist apo Blevisci.
Fuqia e Blinishtëve u rrit edhe më tepër, kur Durrësin e pushtoi Filipi i Tarentit, nipi i Karlit I. Blinishtëve dhe familjeve të tjera me këtë rast iu shtuan privilegjet. Vladi njihej edhe si Kasnec Blinishti. Filipi i Tarentit i jep atij titullin kont, kurse djalit tij, Guljelmit, i jepet ofiqi i marshallit të Shqipërisë, i cili i shton këtij titulli edhe atë të kryesevastit bizantin.
Kjo familje fisnike nuk përmendet më vonë, sepse u zhduk gjatë kryengritjes së madhe (1319-1336) që Selia Papnore ndezi kundër serbëve.
Nën sundimin e Balshajve
Një tjetër familje me rëndësi, që pati influencën e saj në Lezhë ishin edhe Balshajt. Lezha qëndroi nën sundimin e Balshajve deri në kohën kur sundimtar u bë Gjergji II Balsha.
Ngaqë kishte pushtet të dobët, nuk mundi ti mbante nën kontroll feudalët e nënshtruar, të cilët filluan të ngrinin krye, siç ishin për shembull Dukagjinët me në krye Pal dhe Lek Dukagjinin, të cilët ia shkëputën atij Lezhën në vitin 1387.
Si rezidencë e Dukagjinëve
Pas shkëputjes nga Balshajt, Lezha u bë rezidencë e familjes Dukagji, krahina kryesore e të cilëve duhet të ketë qenë kryesisht në Zadrimë. Atyre u përkiste ky qytet në shek. XIV.
Më vonë Tanush Dukagjini me të vëllanë Progonin (të bijtë e Lekë I Dukagjinit) e humbin Lezhën me anë të një marrëveshjeje të bërë në vitin 1393 me venedikasit, për shkak të kërcënimit të turqve që kishin filluar të bëheshin më të pranishëm, duke ia lëshuar atyre qytetin por vijonin të kishin sërish përfitime. Influenca e Dukagjinëve në këtë qytet vazhdoi të ishte e konsiderueshme edhe më tej.
Periudha Venedikase
Pas kalimi në dorë të Venedikasve, Lezha konsiderohej si “syri i djathtë” i Durrësit, sepse përveç mbrojtjes që Lezha ia bënte Durrësit, ajo ishte edhe pika kyçe për tregtinë e këtij qyteti, sepse prej aty furnizoheshin vendet e Sllavonisë me kripë. Më përpara qyteti kishte pasur të drejta vetadministrimi, por këto të drejta Venediku i suprimoi në vitin 1394.
Venedikasit deshën të bënin riparime në fortifikimin e qytetit por u mjaftuan vetëm me urdhra dhe pa ndërmarrë punime konkrete. Në vitin 1440 qyteti u godit nga një zjarr i madh, por herë pas here kërcënohej edhe nga turqit. Këto ngjarje e detyruan Republikën e Venedikut që ta rrethonte akropolin me një mur të ri që përfundoi në vitin 1451 me shpenzimet e tyre, mbetjet e të cilit gjenden edhe në ditët tona.
Më 4 tetor 1448 në Lezhë bëhet një paqe ndërmjet Venedikut dhe Skënderbeut e fisnikëve të tjerë shqiptarë. Para kësaj paqeje Skënderbeu kishte qenë në luftë me Venedikun dhe venedikasit në fillim të vitit 1448 ishin munduar që të gjenin një person të besueshëm, i cili do ta vriste Gjergj Kastriotin.
Pushtimi osman
Lezha nuk pati një fat më të mirë pas pushtimit osman. Atë e përfshiu vala e shkatërrimit. Qyteti u braktis nga banorët para se osmanët të mbërrinin në Lezhë. Qyteti u dogj i gjithi nga Daut Pasha, bejlerbegu i Rumelisë, i cili shkoi aty me një ushtri të fortë më 9 shtator 1478.
Lezha dhe ekspedita e Skënderbeut të Ri
Në vitin 1499 në rrethinat e Lezhës shpërtheu një kryengritje kundër garnizoneve turke. Funksionarët turq u dëbuan dhe kryengritësit thirrën në krye të tyre, djalin e Gjonit, nipin e Skënderbeut, që kishte të njëjtin emër si gjyshi i tij, Gjergj Kastriotin e Ri dhe që u mbiquajt Skënderbeu i Ri.
Skënderbeu i Ri zbarkoi në Ishullin e Lezhës bashke me një ushtri prej 150-200 stratiotësh më 5 mars 1501. Në mars të vitit 1501, përveç Ishullit të Lezhës, ishte i çliruar edhe Lezha, e cila ra sërish në duart e Venedikasve, por qyteti ishte krejtësisht i rrënuar.
Në Lezhë popullsia e mëparshme pothuajse nuk ekzistonte më, pasi u largua, dhe qyteti mori një karakter ushtarako-administrativ osman, duke u zvogëluar gjithnjë e më tepër. Si i tillë Lezha filloi të ringrihej sërish në shek. XIX. Dëmet që u bënë ishin jashtëzakonisht të mëdha, qoftë nga pushtimet e herëpashershme qoftë edhe nga djegiet e disahershme, qoftë nga pushtuesit turq, qoftë edhe nga banorët vetë.