Ky qytet ka qënë i banuar nga popullsi ilire qysh në shekullin VIII para Krishtit. Emri i tij “Lisso” e “Lissus”, mendohet se janë ngjyrim linguistik i emrit të vjeter ilir “Lisi”.
Zbulimi më i madh arkeologjik i epokës së bronzit, është gjetja në fshatin Torovicë i një thesari prej 120 sopata prej bronzi.
Lezha ka funksionuar si qytet bregdetar dhe njëkohësisht si liman lumor, në skajin më jugor të shtetit ilir të Ardianëve dhe spikat për rolin e rëndësishëm në shek. III p.K.
Lezha ishte pikë strategjike për lëvizjen e Flotës Ushtarake Detare Ilire dhe bëhet një qënder e rëndësishme në kohën e sundimit të mbretëreshës ilire, Teuta.
Qyteti kishte dy porte, njëri detar, ai i “Nymfeumit”, Shëngjini i sotëm, si dhe Porti Lumor, buzë Oldrinit, Drini i sotëm.
Në luftën kundër Pompeut, porti Nymfeum (Shengjini) përdoret nga Perandori Jul Cezari, që të zbarkojjnë aty një pjesë e anijeve të komanduara nga Marcus Antonius (Mark Antoni).
Në Lezhë, janë organizuar aktivitete politico-kulturore të nivelit të lartë kombëtar, si: Besëlidhja e Princave (2 mars 1444) ku u themelua shteti i parë mbi bazën e principatave, Kuvendi i Arbërit (14 janar 1703), me nismën e Papës me origjine shqiptare Klementi i XI.
Me 17 janar 1468 në Katedralen e Shën Nikollit në Lezhë u varros heroi kombëtar Gjergj Kastriot – Skenderbeu. Lezha ishte gjithashtu pjesë active e lëvizjes për Pavarësi të Shqipërisë nga perandoria osmane në vitin 1912 si dhe pjesë e luftës kundër pushtimit fashist dhe atij nazist 1939 – 1944.